Emniyet Genel Müdürlüğü bünyesinde yapılan yeni görev dağılımıyla birlikte eski İstanbul Emniyet Müdürü Mustafa Çalışkan, Emniyet Genel Müdür Yardımcılığı makamına getirildi. Çalışkan’ın sorumluluk alanına Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Mücadele, Narkotik, Özel Harekat ile Terörle Mücadele Daire Başkanlıkları gibi teşkilatın en kilit birimleri bağlandı.
Mustafa Çalışkan, İstanbul Emniyet Müdürü olarak vazife yürüttüğü süreçte dönemin İçişleri Bakanı Süleyman Soylu ile yaşadığı gerilim iddialarıyla kamuoyunda yer bulmuştu. Bu süreçte Süleyman Soylu’nun oğlunun kullandığı aracın polisler tarafından durdurulup arandığı, olayın akabinde Bakan Soylu’nun gerçekleştirdiği telefon aramasını Çalışkan’ın meşgule attığı ileri sürülmüştü.
Taraflar arasındaki gerginlik iddialarında Sedat Peker’e koruma polisi verilmesi konusu da tartışılmıştı. Peker, kamuoyuyla paylaştığı bir kayıtta Soylu’ya hitaben şu ifadeleri kullanmıştı:
Bana koruma polisini sen vermedin mi?
Söz konusu koruma kararıyla ilgili olarak Süleyman Soylu, Çalışkan’ın Terörle Mücadele Müdürlüğü dönemine işaret etmiş ve koruma tahsis talimatında Çalışkan’ın imzasının bulunduğu iddia edilmişti.
Hakkında açığa alınacağına dair söylentiler gündeme geldiğinde açıklama yapan Mustafa Çalışkan şu sözleri kaydetmişti:
Türkiye’deki en dürüst insanı neden dolayı açığa alacaklar çok merak ediyorum. Çıksın bir görelim bakalım. Türkiye’de insanlar var. Dürüst siyasetçiler var. En başta Sayın Cumhurbaşkanı var. Mustafa Çalışkan gibi bir insanı açığa kim alacak, nasıl alacak bir görelim bakalım. Çok merak ettim
